Αποτελεί υγρότοπο διεθνούς σημασίας Ramsar (Λίμνη Βιστονίδα, Πόρτο Λάγος, Λίμνη Ισμαρίδα και παρακείμενες λιμνοθάλασσες, 24.400 ha. Αποτελεί επίσης Τόπο Κοινοτικής Προστασίας (ΤΚΠ) για τύπους οικοτόπων και είδη φυτών και ζώων του Δικτύου NATURA2000 – Ειδική Ζώνη Διατήρησης (ΕΖΔ) – GR1130009. Αποτελεί επίσης Ζώνη Ειδικής Προστασίας (ΖΕΠ) για τα πουλιά Δικτύου NATURA 2000 GR1130010. Μέρος της περιοχής αποτελεί: Καταφύγιο Άγριας Ζωής Περιοχής Λίμνη Βιστωνίδας – Λάγους (ΦΕΚ 666/10-8-78), Καταφύγιο Άγριας Ζωής Περιοχής Κομψάτου, Καταφύγιο Άγριας Ζωής Περιοχής Φανάρι – Πόρτο Λάγος (ΦΕΚ 666/10-8-78). Η λίμνη Βιστωνίδα μοιράζεται στους Νομούς Ξάνθης και Ροδόπης.Καταλαμβάνει συνολικά 4.500 ha. και βάθος που κυμαίνεται από 2 έως 3,5 μέτρα, αποτελεί προέκταση του όρμου του Πόρτο Λάγος και χωρίζεται από τη θάλασσα με μια στενή λωρίδα γής. Νότια της λίμνης, εκτείνεται η λιμνοθάλασσα του Πόρτο Λάγος που συνδέεται μέσω φυσικού διαύλου με τη θάλασσα και μέσω τριών στομίων με τη λίμνη. Το υγροτοπικό σύμπλεγμα συμπληρώνουν λιμνοθάλασσες δυτικά της Βιστωνίδας, (με μεγαλύτερες τη Λάφρη και τη Λαφρούδα), που περιβάλλονται από έλη και συνδέουν λειτουργικά την περιοχή με το δέλτα του Νέστου. Η Βιστωνίδα χαρακτηρίζεται από ένα μοναδικό για την Ελλάδα φαινόμενο. Το βόρειο τμήμα της έχει γλυκό νερό, καθώς δέχεται εισροές γλυκού νερού, κυρίως από τους ποταμούς Κόσυνθο, Κομψάτο και Τραύο. Αντίθετα, το νότιο τμήμα της, που δέχεται θαλασσινό νερό από τα τρία στόμια επικοινωνίας της με τη λιμνοθάλασσα, είναι υφάλμυρο, με μεταβαλλόμενη αλατότητα, ανάλογα με τις μετακινήσεις υδάτινων μαζών μεταξύ λίμνης και λιμνοθάλασσας. Οι ποταμοί που πέφτουν στη Βιστωνίδα έχουν παραποτάμιο δάσος και αμμώδη επίπεδα στις εκβολές τους. Η περιοχή της Βιστωνίδας χαρακτηρίζεται από μεγάλη ποικιλία οικοτόπων και πλούσια χλωρίδα. Η βλάστηση της λίμνης αποτελείται από αμμόφιλες και αλόφιλες φυτοκοινωνίες, λιβάδια, καλαμώνες και θαμνώνες. Υπάρχει πλούσια ζωή από πουλιά όλες τις εποχές. Υπάρχουν περίπου 260 είδη πουλιών. Από αυτά, τα 9 είδη είναι σπάνια ή απειλούμενα σε διεθνές επίπεδο. Ένα από τα σπανιότερα είδη πουλιών στον κόσμο, με πληθυσμό που δεν ξεπερνάει τις 13.000 άτομα παγκοσμίως, είναι το Κεφαλούδι (Oxyura leucocephala). Στην περιοχή της Βιστωνίδας εντοπίζονται επίσης, περίπου 20 είδη θηλαστικών, 19 είδη ερπετών και 11 είδη αμφιβίων. Μεγάλη είναι και η ποικιλία των ψαριών που υπάρχουν στη λίμνη αν και τα τελευταία χρόνια αυτά έχουν περιοριστεί εξαιτίας των μεταβολών των περιβαλλοντικών συνθηκών. Η περιοχή απειλείται από επέκταση και εντατικοποίηση της γεωργίας και της υδατοκαλλιέργειας, τουριστική ανάπτυξη, έντονο κυνήγι, ρύπανση από διάφορες πηγές.